Некоторые инфекционные болезни протекают только остро (холера, натуральная оспа, сальмонеллезы, грипп, корь), другие имеют острое и хроническое течение (вирусные гепатиты, бруцеллез). Для острого течения болезни характерны непродолжительное пребывание возбудителя в организме больного и формирование невосприимчивости к данному виду возбудителя, выраженной в разной степени. При хроническом процессе инфекционный агент длительно находится в организме, периоды обострения сменяются ремиссиями. Исходом такого течения может быть полное выздоровление, но в ряде случаев могут формироваться очаги поражения, приводящие к развитию стойкой инвалидности. Реинфекция — заражение тем же видом возбудителя, приводящее к повторному заболеванию, когда первичный инфекционный процесс не оставляет после себя достаточно напряженного иммунитета (дизентерия, сальмонеллез).
Суперинфекция — дополнительное заражение больного в условиях незавершившегося инфекционного процесса (до ликвидации первичной болезни) возбудителем иного вида. Носительство возбудителей инфекции — паразитирование возбудителя в организме хозяина, протекающее без клинических проявлений, то есть бессимптомно. В зависимости от длительности пребывания возбудителя в организме различают острое (до 3 месяцев) и хроническое (более 3 месяцев) носительство (брюшной тиф, сальмонеллез, дизентерия, дифтерия). При этом носители не знают о выделении ими болезнетворных микробов в окружающую среду, не соблюдают необходимого санитарного режима и представляют опасность для окружающих.
Манифестная (клинически проявляющаяся) форма может протекать типично и атипично, а также в легкой, среднетяжелой, тяжелой и молниеносной (фульминантной) форме. Латентная форма инфекции — это бессимптомное взаимодействие микроорганизма с возбудителем, которое под влиянием провоцирующих факторов (таких как, интеркуррентные заболевания, травмы, оперативное вмешательство и других) может переходить в острое течение (например, инфекция, вызванная вирусом простого герпеса, длительно и практически пожизненно сохраняется в чувствительных ганглиях тройничного нерва).
Медленная инфекция определяется пребыванием вируса в организме с многомесячным или даже многолетним инкубационным периодом, после чего медленно, но неуклонно развиваются симптомы заболевания, всегда заканчивающегося летальным исходом (СПИД, куру, скрепи и др.). Если инфекционное заболевание вызвано одним видом микроорганизмов, то говорят о моноинфекции, а если имеется несколько видов — о смешанной, или микстинфекции.